Das Institut für Medizinische Informatik, Statistik und Epidemiologie (IMISE) der Universität Leipzig hat sich für den Aufbau einer neuen Speicherinfrastruktur mit dem IBM-Speichersystem »Storwize V7000« entschieden. Ziel war dabei, eine flexiblere Speicherinfrastruktur als bisher mit hoher Skalierbarkeit, hoher Leistung und leichter Administration durch die Wissenschaftler zu ermöglichen. Das Midrange-System hat IBM erst Anfang Oktober letzten Jahres vorgestellt (speicherguide.de berichtete). Das Projekt wurde in Zusammenarbeit mit dem Business-Partner Wichmann Datentechnik realisiert.

Das Institut unter Leitung von Professor Dr. Markus Löffler gehört zur Medizinischen Fakultät der Universität Leipzig. Aufgaben des Institutes sind Forschung, Lehre, Weiterbildung und Beratung in Biostatistik, den Grundlagen klinischer Studien sowie medizinischer Informatik. Die Forschungsschwerpunkte liegen in den Bereichen Klinische Studien, Biometrische Modellierung, Medizinische Informatik, Bioinformatik und Systembiologie.

Mehrstelliger TByte-Bereich: molekulargenetische Untersuchungen

Für eine Vielzahl von großen nationalen Studien- und Verbundforschungsprojekten übernimmt das IMISE die Entwicklung des Studiendesigns, die Studienplanung, das Studienmanagement, Datenspeicherung und -management sowie die Datenauswertung und Modellierung. Aus diesen Aktivitäten ergeben sich vielfältige Herausforderungen für die IT-Infrastruktur des IMISE. Dies beinhaltet vor allem Datenbankserver und Remote-Data-Entry-Systeme. Für die biometrische Modellierung und Systembiologie werden umfangreiche Rechenkapazitäten benötigt.

Das IMISE hat in den letzten Jahren seine Forschungsaktivitäten auf dem Bereich molekulargenetischer Untersuchungen intensiviert. Aktuell wird beispielsweise eine große genetisch-epidemiologische Studie namens LIFE (Leipziger Forschungszentrum für Zivilisationserkrankungen) initialisiert, bei der mehrere Tausend Patienten und gesunde Probanden nicht nur umfangreich untersucht, sondern auch molekulargenetisch charakterisiert werden sollen. Hierbei fallen große Datenmengen (im mehrstelligen TByte-Bereich) aus Hochdurchsatz-Mikroarray-Experimenten und Sequenzierungen an, welche eine besondere Herausforderung an das Datenmanagement und die Datenanalyse darstellen.

Analysen sind jetzt effektiver und schneller realisierbar

Des Weiteren besteht das Ziel zukünftiger Forschungen darin, Zusammenhänge zwischen verschiedenen hochdimensionalen genetischen Informationen herzustellen, wie zum Beispiel zwischen genetischen Mutationen und Genexpression, Proteinen oder Metaboliten. Dies erfolgt durch die Berechnung von unter Umständen mehreren Milliarden statistischer Tests.

Limitierend für die Auswertung ist hierbei jedoch nicht nur die Berechnung dieser Tests, sondern vor allem die Geschwindigkeit, mit der Abfragen innerhalb der Ergebnislisten durchgeführt werden können. Durch den Erwerb des neuen IBM-Speichersystems möchte die Arbeitsgruppe »Genetische Statistik« um Dr. Markus Scholz deshalb ihre Infrastruktur verbessern, um diese und andere in naher Zukunft anstehende umfangreiche Analysen effektiv realisieren zu können.

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